Using multitype branching models to analyze bacterial pathogenicity
Oglądaj/ Otwórz
Data
2020Autor
Sakowski, Sebastian
Tahir, Daniah
Ingemar, Kaj
Bartoszek, Krzysztof
Majchrzak, Marta
Parniewski, Paweł
Metadata
Pokaż pełny rekordStreszczenie
We apply multitype, continuous time, Markov branching models to study pathogenicity in E. coli, a bacterium belonging to the genus Escherichia. First, we examine briefly, the properties of multitype branching processes and we also survey some fundamental limit theorems regarding the behavior of such models under various conditions. These theorems are then applied to discrete, state dependent models, in order to analyze pathogenicity in a published clinical data set consisting of 251 strains of E. coli. We use well established methods, incorporating maximum likelihood techniques, to estimate speciation rates as well as the rates of transition between different states of the models. From the analysis, we not only derive new results, but we also verify some preexisting notions about virulent behavior in bacterial strains. W celu zbadania patogenności szczepów E. coli, bakterii z rodzaju
Escherichia, użyto wielorodzajowego markowskiego procesu gałązkowego z czasem
ciągłym. W pierwszej kolejności zrobiono przegląd własności wykorzystywanego procesu
wraz z najważniejszymi wynikami granicznymi opisującymi zachowanie procesu
przy różnych założeniach. Następnie przyjęto konkretny model, w którym rozgałęzienia są zależne od stanu oraz zastosowano go do badania patogenności w zestawie 251 szczepów E. coli pochodzących z II Centralnego Szpitala Klinicznego Wojskowej
Akademii Medycznej. Parametry modelu, tempa narodzin oraz mutacji, zostały
uzyskane metodą największej wiarygodności. Przedstawiona w artykule analiza potwierdza
znane własności patogenności bakterii oraz sugeruje nowe ścieżki pracy
badawczej.
Collections
Z tą pozycją powiązane są następujące pliki licencyjne: