Analiza polimorfizmów genetycznych oraz identyfikacja wariantów i regionów genomu związanych z rozwojem nadmiernej masy ciała w populacji polskiej

Abstract

Nadwaga i otyłość stanowią złożone zaburzenia o poligenicznej architekturze. Genetyczne podłoże nadwagi i otyłości obejmuje setki a nawet miliony wariantów genetycznych (SNP), z których każdy ma niewielki wpływ na ryzyko tej choroby. Ustalenie genetycznych uwarunkowań otyłości wielogenowej stanowi w dalszym ciągu cel dużych badań międzyośrodkowych. W bieżącej pracy przeprowadzono badania asocjacyjne całego genomu (GWAS), towarzyszącą im analizę PheGWAS oraz badania asocjacyjne całego transkryptomu (TWAS), w celu zidentyfikowania wariantów i potwierdzenia powiązań genotyp – fenotyp związanych z nadmierną masą ciała w populacji polskiej. W tym celu, przeprowadzono trzy niezależne GWAS obejmujące > 500 000 i >1 700 000 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) zlokalizowanych na przestrzeni całego genomu z wykorzystaniem mikromacierzy firmy Illumina: Infinium Core Exome i Infinium Multi-Ethnic. Analizy te wykonano na trzech kohortach pochodzenia polskiego: jednej dziecięcej, DZ (N = 431) i dwóch dorosłych (N=350), wydzielonych ze względu na zastosowaną mikromacierz (CE, ME). GWAS przeprowadzono w każdej z badanych grup dla trzech różnych cech związanych z nadmierną masą ciała: BMI [kg/m2] wyznaczonego na drodze pomiarów antropometrycznych oraz masy tłuszczowej FM [kg] i kąta fazowego PA [°] wyznaczonych za pomocą impedancji bioelektrycznej (BIA). W każdym GWAS uwzględniono również interakcję SNP z płcią.